党委保卫部、保卫处【以下简称保卫部（处）】，为学校党政职能部门，实行合署办公，在学校党委、行政的领导下开展工作，以“服务师生需求、构建平安校园、保障高水平体育大学建设”为工作目标，秉持“以人为本、预防在先、系统治理、规范管理”的基本原则，履行校园安全管理和政治稳定相关工作中的监督、检查、指导、服务职能，积极开展安全管理、安全教育和安全服务。

1958年7月，南京体育学校成立后设立保卫科；1962年12月，保卫科与人事科合并为人事保卫科；1963年9月单独设立保卫科；1987年2月，学校机构改革，设立保卫处；2011年3月，党委保卫部、保卫处、人民武装部合署办公；2024年1月，《南京体育学院定责定岗定编实施办法》（南体委【2024】7号）文件，人民武装部工作职责从保卫部（处）调整至学生工作部。

按照《南京体育学院定责定岗定编实施办法（2025年2月修订案）》（南体委【2025】22号）文件，保卫部（处）设政保科、治安科、消防管理科，人员编制9人。