目前，党委保卫部、保卫处（合署办公）下设三个科室，分别为政保科、治安科、消防管理科。治安科和消防管理科主要负责灵谷寺校区院内治安管理、消防管理、交通管理、校卫队管理、暂住人员管理等工作；政保科主要负责政保、户籍管理、处办公室等工作。 

近年来，保卫处先后被江苏省公安厅授予“集体二等功”、被南京市公安局授予“集体三等功”和评为“先进集体”、被南京市公安消防局评为“先进集体”、被玄武区公安消防大队评为“先进集体”、被玄武区综治办评为“先进集体”。